Des espèces humaines inconnues hantent notre ADN

Il y a quelques dizaines de milliers d'années, la Terre était encore peuplée de plusieurs lignées humaines. L'humanité était buissonnante avec des groupes d'individus éparpillés. Différentes espèces* se sont même mélangées entre elles, donnant parfois lieu à des hybridations plus ou moins durables. Nous partageons ainsi une partie de notre patrimoine génétique (à hauteur de 2%) avec l'homme de Néandertal qui peuplait encore l'Europe il y a plus de 40.000 ans. Home sapiens, mais aussi Néandertal, se sont parfois mélangés plus à l'est avec une autre espèce, Dénisova , qui peuplait l'Asie sensiblement à la même époque. Cette espèce n'est identifiée que par quelques fragments et son aspect général nous est encore inconnu.

Si nos gènes gardent les traces de l'époque où nous cohabitions avec ces deux cousins, ils peuvent aussi livrer d'autres secrets. Les analyses génétiques permettent de révéler l'existence d'espèces totalement inconnues qui ont laissé des traces durables dans notre génome. Des fantômes qui hantent notre ADN mais dont nous n'avons encore identifié aucun reste fossile.

À lire aussiQuelle histoire nous racontent les plus vieilles dents «humaines» d'Europe?

«On suppose que d'autres lignées humaines ont pu cohabiter avec nos ancêtres en Afrique notamment», raconte Céline Bon, paléogénéticienne au Musée de l'Homme. «Mais le climat africain ne permet pas une conservation optimale de l'ADN ancien. Nous ne pouvons pas donc nous ne pouvons pas faire de comparaisons directes comme c'est le cas en Eurasie avec Néandertal et Dénisova.»

En séquençant les génomes des populations contemporaines, les chercheurs arrivent toutefois à trouver la trace d'ADN ancien «piégée» dans notre génome. L'espèce humaine, telle qu'elle existe aujourd'hui, est en effet l'une des plus homogènes que l'on connaisse sur le plan génétique. Il est ainsi (relativement) facile d'identifier les traces d'introgression dans notre génome. Autrement dit de déceler les bribes d'ADN qui proviennent d'espèces humaines aujourd'hui disparues avec lesquelles nos ancêtres se sont accouplées.

«On a découvert au moins deux événements de métissages avec des espèces inconnues, l'une chez des populations ouest-africaines, l'autre chez les Pygmées,» continue la chercheuse. «Les espèces sont là, on ne sait pas encore à quoi elles ressemblaient, mais elles ont croisé la route des premiers Homo sapiens. C'est même possible que l'on ait découvert des restes leur appartenant, mais qu'on ne les ait pas encore identifiés.»

L'ADN permet de compléter les trous dans le puzzle de notre histoire

D'autres méthodes permettent de penser qu'au moins une autre espèce «fantôme» hante notre ADN et notre passé. La distance génétique qui sépare Sapiens, Dénisova et Néandertal est plus complexe que le schéma dessiné par leurs traces purement archéologiques. En effet, les restes archéologiques et leur datation racontent une histoire des lignées humaine très légèrement différente de celle que racontent les analyses ADN. «Il manque au moins un élément dans nos connaissances,» détaille Céline Bon. «Des simulations permettent d'établir différents scénarios pour expliquer cette légère dissonnance. Dans ce cas , le scénario le plus crédible consiste à rajouter au moins un métissage d'une des trois espèces avec une espèce inconnue.»

L'image est presque nette, mais il manque encore un petit quelque chose en somme. Une petite pièce au milieu du puzzle. Que de prochaines découvertes arriveront peut-être à identifier.

* La définition d'espèce diffère selon que l'on s'en tienne à la génétique ou à la morphologie. Deux espèces ne sont pas censées être interfécondable, or l'analyse ADN montre que la frontière est bien plus floue et complexe. C'est particulièrement vrai pour les anciennes espèces humaines.