Les phages de notre microbiote intestinal deviendront-ils une alternative aux antibiotiques ?

Notre microbiote intestinal – ou flore intestinale – regorge de bactéries, mais aussi de virus. En effet, un seul gramme d’excrément peut posséder jusqu’à 10 milliards de virus. On trouve alors dans nos intestins de nombreux bactériophages (ou phages) tempérés ou virulents qui n’infectent que les bactéries de notre microbiote intestinal. Et il se pourrait que ces phages soient une alternative aux antibiotiques.

Quelles relations entre les bactéries et les phages ?

Nous savons que des bactéries et des phages sont présents dans nos intestins. Ils jouent d’ailleurs un rôle essentiel dans la digestion et la défense de notre organisme. Ce que nous savons moins c’est quelle relation existe entre eux. Pour la première fois, des chercheurs de l’Institut national de recherche en agriculture, alimentation et environnement (Inrae) ont pu étudier les relations entre ces bactéries et les phages présents dans notre organisme.

En effet, selon une étude, publiée le 17 janvier 2020 dans Nature Communications, il existe bel et bien une relation entre les bactériophages et les bactéries. Et même si cette relation interroge encore, elle pourrait permettre de résoudre un certain problème : les maladies intestinales résistantes aux antibiotiques. Les phages sont des virus qui affectent uniquement les bactéries. Mais cela signifie-t-il qu’ils ont un rôle dans l’équilibre du nombre de bactéries ?

Une alternative possible aux antibiotiques ?

Les chercheurs ont étudié la relation entre la bactérie Escherichia coli (présente dès le début de notre vie) et les phages. Ils ont ainsi cultivé 900 souches de Escherichia coli provenant de 648 échantillons fécaux d’enfants de 1 an. En analysant ces échantillons, les chercheurs ont remarqué que près de 68 % de cette bactérie avait été infectée par les phages, et donc que le microbiote intestinal s’était rééquilibré de lui-même. Il faut savoir qu’il s’agit d’une bactérie qui est à l’origine de diarrhées très virulentes et résistante aux antibiotiques.

Ils ont ensuite extrait 150 phages capables d’infecter cette bactérie et les ont séquencés. Et d’après les données, les phages tempérés étaient beaucoup plus présents que les virulents. Cependant, les virulents avaient un rôle plus important quant à l’infection des bactéries Escherichia coli. En effet, la libération de phages virulents semble limiter le déséquilibre du microbiote intestinal.

Il serait donc possible, dans le temps, d’injecter des bactériophages aux personnes atteintes de diarrhées chroniques, ou encore de la maladie de Crohn. Des maladies souvent résistantes aux antibiotiques. De ce fait, la phagothérapie pourrait devenir une alternative fonctionnelle. Bien entendu, des recherches complémentaires seront faites pour ainsi permettre de comprendre ce qui fait que certains phages soient aussi infectieux.

Avec cette étude, la phagothérapie découverte dans les années 20 pourrait ouvrir de nouvelles perspectives dans le traitement des maladies intestinales quand les antibiotiques ou autres médicaments sont inefficaces.