Animaux sauvages et domestiques, ils attrapent aussi le Covid

Il ne fait guère de doute que le coronavirus s’est installé chez les humains pour longtemps. À l’ère de l’Anthropocène, où 7,5 milliards d’humains étroitement interconnectés peuplent chaque recoin du globe, quelles conséquences cela va-t-il avoir sur la faune sauvage et les écosystèmes ?

Cette question est très rarement posée, tant le coronavirus est systématiquement abordé sous l’angle sanitaire plutôt que sous l’angle écologique. Et pourtant, comme le disait Marion Koopmans, l’une des plus éminentes « coronavirologues » du monde, dans un reportage diffusé fin mars sur Radio Canada, « nous devrions être moins égocentrés et davantage écocentrés ». Car la pandémie de Sars-CoV-2 pourrait avoir des implications profondes sur la nature, décimer certaines espèces, en faire proliférer d’autres en réaction — ce qui aurait inévitablement des conséquences sur nos sociétés en retour.

C’est que « l’exceptionnalisme humain n’existe pas en maladies infectieuses », rappelle, dans le même reportage, Hélène Carabin, vétérinaire et épidémiologue à l’Université de Montréal. Les virus franchissent les barrières d’espèces en tous sens, grâce à leur adaptabilité naturelle. Dans le passé, cela a souvent été aux dépens des humains : les trois quarts des maladies infectieuses émergentes sont d’origine animale, selon l’Organisation mondiale de la santé animale, notamment la grippe, le Sida, Ebola… et bien sûr les trois coronavirus du XXI^e siècle, le syndrome respiratoire aigu sévère (Sras), le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (Mers) et Sars-CoV-2.

Le spillover : quand le virus saute de l’animal à l’humain

Toutes ces maladies sont en effet le produit d’un spillover, comme disent les anglo-saxons, ou « débordement ». Leurs virus circulaient chez une espèce animale, dite « espèce réservoir », oiseaux pour la grippe, singes pour le Sida, chauves-souris pour Ebola [1] et les coronavirus. Et ils ont fait un saut évolutif pour s’établir chez les humains, soit directement, soit en passant par une autre espèce animale génétiquement facilitatrice, dite « hôte intermédiaire ».

Si le spillover est étudié depuis des décennies par les scientifiques, et a fait l’objet d’innombrables articles et même d’un succès en librairie [2], il existe, en miroir, le spillback — terme désignant les infections acquises par les animaux au contact des humains. On s’en doute, le spillback intéresse beaucoup moins. Pourtant, notre époque est marquée par des écosystèmes stressés, appauvris et fragilisés, et exposer la faune sauvage à des pathogènes inédits n’a rien d’anodin.

Les primatologues en sont particulièrement conscients. Les singes, un groupe spécialement menacé, sont en effet très proches des humains génétiquement et donc souvent sensibles à leurs maladies. Des épidémies de virus Ebola (probablement survenues indépendamment des humains) ont tué 95 % de certaines populations de gorilles (38 survivants sur 377 animaux) en 2003. Quant aux chimpanzés, ils sont connus pour succomber aux virus respiratoires humains, notamment aux simples rhumes, au point que ces virus sont devenus leur principale cause de mortalité dans les parcs nationaux de Tanzanie.

La revue Science rapporte que sur les sites d’écotourisme ou d’étude scientifique des grands singes, des gestes barrières étaient déjà obligatoires avant la pandémie actuelle, mais que désormais toute activité de tourisme est suspendue — notamment parce qu’une étude a montré que 98 % des touristes ne respectaient pas les règles fixées, notamment en matière de distance d’approche (sept mètres minimum) !

À l’évidence, le coronavirus pourrait menacer de très nombreuses espèces au-delà des grands singes. Non qu’ils ne soient pas concernés : les gorilles du zoo de San Diego en Californie ont été testés positifs au Covid-19 en janvier 2021. Aucun des huit animaux n’est mort, par chance, mais comme les humains ils ont souffert de fortes fièvres, de léthargie et de toux. Mais les primates ne sont que la pointe émergée de l’iceberg de la faune sauvage. « Le problème avec les coronavirus, c’est que certaines lignées ont des spectres d’hôtes particulièrement larges », indique à Reporterre Julien Capelle, écologue et vétérinaire au Cirad, le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement.

Bovins, porcs, ovins, volaille... ne semblent pas s’infecter

Une hypothèse pour expliquer leur étonnante capacité à sauter d’une espèce à l’autre pourrait être que beaucoup de coronavirus proviennent des chauves-souris, dont le système immunitaire est hyper-performant. « Il est possible que pour pouvoir survivre en étant exposé au système immunitaire des chauves-souris, à l’efficacité inégalée chez les mammifères, ces virus doivent développer des capacités d’adaptation particulière, qui font des ravages lorsqu’ils passent à d’autres espèces », dit ainsi à Reporterre Emma Teeling, de l’University College de Dublin, sans doute la principale spécialiste européenne de ces animaux.

En tous cas, la protéine qui sert de porte d’entrée aux coronavirus dans les cellules, dite ACE2, pourrait d’après une étude structurelle parue dans les comptes-rendus de l’Académie des sciences américaine en septembre 2020, ouvrir des possibilités d’infection chez des dizaines d’espèces animales, dont 40 % sont des espèces menacées ! « Il s’agit d’études de bioinformatique, utiles mais à prendre avec précaution, précise Julien Capelle. En réalité, la seule vraie preuve qu’une espèce peut s’infecter s’obtient en faisant l’essai en laboratoire, ce qui est complexe et coûteux, et pour l’instant très peu d’espèces ont vraiment été testées. »

Les animaux que l’humanité élève pour les consommer (bovins, porcs, ovins, volaille) l’ont été, et ils ne semblent pas s’infecter, ou alors très difficilement. Ce qui est un énorme soulagement vu leur colossal effectif planétaire, précise Julien Capelle. L’inquiétude était particulièrement grande pour les porcs, qui totalisent plus d’un milliard de têtes dans le monde, sont sensibles à d’autres coronavirus, et sont connus pour avoir des caractéristiques biologiques proches de celle de l’humain. « Il y a sept ou huit espèces pour lesquelles la preuve qu’ils s’infectent au coronavirus a été apportée en laboratoire ou bien a fait l’objet d’observations dans les zoos : les chats, les chiens, les visons, les chiens viverrins, les furets, les hamsters, les tigres et lions, etc. Or il pourrait y en avoir bien d’autres », indique le chercheur.

Quels sont donc ces animaux menacés par le Covid, qui pourraient faire l’objet d’un spillback ? Dans les suspects évidents, il y a toute la famille des mustélidés, celle des visons et furets, deux des espèces connues les plus sensibles. Une famille qui compte de nombreux petits carnivores très communs dans la nature, notamment la fouine, la martre, la belette, l’hermine, le blaireau... Plus généralement, parmi les carnivores, par-delà les félins qui semblent tous sensibles, de nombreuses autres espèces mériteraient d’être testées. Et puis il y a les chauves-souris, dont le coronavirus était originellement issu, et qui en hébergent naturellement un très grand nombre.

Outre les mustélidés, des cervidés et des hérissons pourraient être sensibles au coronavirus

À ces familles évidentes, il faut ajouter un inventaire à la Prévert d’animaux plus ou moins imprévisibles, que les caprices de la structure de leur ACE2 pourraient rendre sensibles à notre coronavirus. Le chameau, par exemple, qui était l’hôte intermédiaire du Mers-CoV ; ou le pangolin, dont on sait qu’il héberge également des coronavirus proches du Sars-CoV… L’une des dernières espèces dont on a découvert la susceptibilité est, d’après un article de mars 2021, le Cerf de Virginie (Odocoileus virginiatus), une espèce sauvage commune aux États-Unis qui peut parfois faire l’objet d’élevages pour la chasse ou les loisirs. D’autres cervidés pourraient donc aussi être concernés. Tout comme les hérissons, également très sensibles aux béta-coronavirus selon une communication récente de l’Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail.

Qu’une espèce soit sensible au coronavirus ne signifie pas qu’elle risque de l’attraper en pratique, objectera-t-on. Il faut pour cela qu’il y ait un contact infectant avec l’humain. Par quelles voies un virus humain pourrait-il gagner les écosystèmes ? Celles-ci, à l’ère de l’Anthropocène [3] sont très nombreuses, et certaines ont déjà été empruntées.

La toute première est certainement l’élevage. Tout animal élevé par l’humain est non seulement placé au contact étroit de notre espèce, mais aussi artificiellement concentré et fragilisé au plan immunitaire – donc d’autant plus susceptible de s’infecter. Lorsque le dit animal est sensible au coronavirus, les résultats sont immédiats. Les élevages de visons en sont l’exemple parfait : trois mois à peine après l’apparition de la pandémie en Europe, ils se sont transformés en d’effrayants bouillons de culture. Le coronavirus s’y est installé avec une facilité déconcertante, même lorsque le personnel était assujetti à de strictes mesures barrières. Il a gagné rapidement la totalité de l’installation — les taux d’infection atteignaient 97 % — parfois de manière invisible car beaucoup de visons malades sont asymptomatiques. Et il en va très probablement de même pour d’autres élevages, petits ou grands, de carnivores à fourrure (renard, chien viverrin, civettes, furets, etc.).

Ces élevages semblent être, en outre, des geysers de virus, projetant la maladie notamment vers les milieux naturels. L’expérience des élevages de visons danois et néerlandais, au printemps 2020 — documentée de près par une équipe dirigée par Marion Koopmans — est scientifiquement très précieuse et sans équivalent. Au Danemark et au Pays-Bas, les chercheurs ont été les premiers à détecter des contaminations humaines dites secondaires par les visons (les visons, contaminés par des humains, contaminent d’autres humains qui n’étaient pas malades), et ont aussi été les premiers à se poser franchement la question des conséquences des élevages sur l’environnement naturel. Dans beaucoup de pays (Italie, Espagne, Pologne...) les autorités vétérinaires, soucieuses de protéger les éleveurs avec lesquelles elles travaillent au quotidien, ont fait preuve de peu de vigilance et d’encore moins de transparence...

« Nous avons constaté que le virus était capable de "sauter" d’un élevage à l’autre, et que plus les élevages étaient proches, plus le "saut" était probable ; parfois ces sauts ont atteint huit kilomètres », a précisé à Reporterre Arjan Stegeman, vétérinaire à l’Université d’Utrecht. « Nous n’avons pas réussi à comprendre, malgré des recherches approfondies, quels en étaient les mécanismes. » Nous sommes là au cœur du problème du spillback. Car si on exclut que l’infection se soit propagée via les humains (ce que leur enquête a fait), que reste-t-il pour expliquer ces transmissions mystérieuses ?

La faune sauvage est susceptible de transporter des particules virales

L’hypothèse d’une transmission directe par les aérosols, autrement dit directement par l’air, semble improbable sur plusieurs kilomètres. Sur de plus courtes distances, certains chercheurs la jugent probable : les poussières du sol des élevages étaient très contaminées, elles auraient pu être soulevées par le vent ; et la probabilité d’infection était inversement proportionnelle à la distance, comme attendu pour une propagation aérienne. Reste que les tentatives de détection du virus dans l’air, sous le vent des élevages, n’ont rien donné. « Peut-être que nos appareils n’étaient pas assez sensibles ? » s’interroge Arjan Stegeman.

Le passage par la faune sauvage continue à apparaître à ces chercheurs comme l’une des hypothèses les plus plausibles. « Ces élevages sont très ouverts, donc ils sont fréquentés par des chats et chiens errants, par des oiseaux allant des moineaux aux corvidés, très vraisemblablement par des rongeurs voire des mustélidés sauvages, car il y a beaucoup de nourriture qui tombe des cages, indique le vétérinaire. De tels animaux vecteurs ne seraient même pas forcément malades eux-mêmes, leur rôle pourrait se borner à transporter des particules virales ». « Nous nous sommes même posé la question des insectes », admet Marion Koopmans.

S’ajoute, bien sûr, la transmission virale via des évasions, fréquentes dans les élevages de carnivores, ces animaux étant à la fois intelligents et habiles. Certains des évadés restent d’ailleurs à proximité de l’élevage dont ils proviennent, pour profiter des restes de nourriture. Ils occupent également l’environnement, et se mêlent à leurs congénères. Aux États-Unis, un vison sauvage infecté au coronavirus a été capturé par les autorités vétérinaires dans l’Utah en décembre 2020, à proximité d’un élevage. Cela a suscité l’inquiétude pour le putois américain, une espèce menacée dont il ne reste que quelques centaines d’individus en liberté. En Espagne, dans une région (la province de Castellon) proche du plus grand élevage de visons du pays (pourtant théoriquement à l’arrêt depuis l’été 2020), deux visons sauvages morts et contaminés au coronavirus ont également été trouvés au mois de mars 2021. Les élevages de carnivores, dont beaucoup sont toujours en activité dans divers pays, sont donc des diffuseurs importants de virus vers les milieux naturels.

Des milliards d’animaux sauvages sont capturés par les chats chaque année

Outre les élevages, une autre voie de transmission du virus vers les milieux naturels provient... des animaux de compagnie. Et notamment les chats, dont les scientifiques ont observé dès le début de la pandémie qu’ils multipliaient le virus et se le transmettaient entre eux. Pour Jean-François Julien, chercheur au Muséum national d’histoire naturelle de Paris, « Les chats sont des vecteurs très efficaces et inquiétants vers les espèces naturelles, sur lesquels les autorités ont peu communiqué, sans doute par peur de déclencher une vague d’abandons. Ils sont très en contact avec la faune sauvage, on sait qu’il y a des bagarres avec les mustélidés, comme les fouines… »

« Les chats sont des vecteurs très efficaces et inquiétants vers les espèces naturelles. »

Une inquiétude partagée par Sébastien Puechmaille, spécialiste des chauves-souris à l’Université de Montpellier. « Une étude parue dans Nature, et ce n’est pas la seule, montre que des milliards d’animaux sauvages --- oiseaux, rongeurs, chauves-souris... — sont capturés par les chats chaque année, note-t-il. On sait que beaucoup d’entre eux s’échappent de justesse après une attaque, ce qui génère un risque d’infection fort ! Je suis convaincu que des dizaines de spillovers sont inévitables… » Les chiens, qui ont reçu moins d’attention, induisent exactement le même type de risque d’infection de la faune sauvage.

Autre mode de transmission des virus vers les écosystèmes : les innombrables refuges et cliniques à animaux sauvages. Ces derniers, trouvés à la suite d’accidents, y sont soignés. Souvent tenus par des bénévoles bien intentionnés, appuyés par des vétérinaires enthousiastes, ces refuges existent sur les cinq continents. Leur utilité n’est pas en cause – mais ils n’en constituent pas moins des milliers de passerelles potentielles que le Sars-CoV-2 pourrait emprunter.

« Les variants sud-africain et brésilien sont capables d’infecter des souris de laboratoire »

Enfin, un pont possible entre les humains et la nature serait constitué par les rongeurs. Ces commensaux humains de longue date ont amené à maintes reprises la peste (et d’autres maladies) aux humains, en côtoyant les rongeurs sauvages. Ils pourraient tout aussi bien emmener le coronavirus dans la direction inverse, c’est-à-dire vers les écosystèmes.

Ainsi, le hamster, ainsi que la souris sylvestre Peromyscus maniculatus, le mammifère le plus abondant d’Amérique du Nord, se sont avérés susceptibles au coronavirus. Pourtant, jusqu’à présent, les scientifiques étaient relativement rassurés par le fait que la souris domestique ainsi que le rat commun ne semblaient pas susceptibles au Sars-CoV-2. Mais cette situation, comme l’a révélé l’excellent blog du journaliste biomédical Marc Gozlan, vient hélas de changer. L’Institut Pasteur a mis en ligne le 18 mars 2021 une prépublication qui indique : « Nous montrons ici que contrairement au variant initial, [les variants sud-africain et brésilien] sont capables d’infecter des souris de laboratoire, se répliquant dans leurs poumons à des concentrations élevées. »

Un séisme passé relativement inaperçu mais dont les conséquences pourraient être majeures. Il s’agit du plus grand ordre de mammifères, regroupant plus de deux mille espèces ! Si beaucoup d’entre eux sont capables d’attraper et transmettre le Covid, quand bien même il ne s’agirait que de certains variants, cela pourrait être écologiquement significatif.

« L’Anses [Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail], en collaboration avec Pasteur, Vetagrosup et le projet Obépine, au vu de ces résultats, a décidé de déclencher une exploration pour le Sars-CoV-2 des rongeurs peuplant les égouts, où nous savons que l’on trouve couramment les deux espèces de rats (rat d’égout et rat noir), ainsi que la souris commune. Le virus est en effet présent dans les eaux usées des villes », précise à Reporterre Élodie Monchâtre-Leroy, directrice du laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy de l’Anses, l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail. La chercheuse indique également qu’à l’échelon européen (et ce, même à proximité des deux élevages de visons français toujours en activité), il n’y a pas pour l’instant de suivi du coronavirus dans la faune sauvage.

La « pollution par les pathogènes », une catastrophe écologique

« Ce que nous observons avec ces spillback de coronavirus, c’est une nouvelle illustration d’une pollution depuis longtemps identifiée par les écologues, la pollution par les pathogènes, dite pathogen pollution par les anglo-saxons », soupire Sébastien Puechmaille. Un phénomène que les spécialistes des chauves-souris connaissent bien : en Amérique du Nord, ces animaux subissent depuis une décennie des taux de mortalité gravissimes à cause d’un champignon importé d’Europe, qui induit le [WNS|white nose syndrom], ou « maladie du nez blanc ». La même chose est à l’œuvre à l’échelle mondiale avec les amphibiens, poussés vers l’extinction depuis deux décennies par des champignons introduits par les humains, les chytridiomycètes.

Cette « pollution par les pathogènes », moins connue que la pollution chimique, génétique, voire lumineuse ou sonore, n’en est pas moins une catastrophe écologique. Elle propulse d’un bout à l’autre de la planète des microbes qui n’auraient jamais pu se propager aussi loin ni aussi vite sans les humains. Et seul l’avenir pourra dire si cette pollution de la nature par le Sars-CoV-2 provoquera des bouleversements écosystémiques ou pas, nos capacités de modélisation écologique ne permettant pas de le prédire pour l’instant.

Même si ce n’est pas le cas, ladite pollution pourrait revenir en boomerang aux humains. On sait depuis longtemps que lorsqu’un virus change d’hôte, son taux de mutation augmente, donnant naissance à de nouveaux variants, dont certains peuvent mieux résister aux vaccins ou à l’immunité acquise, par exemple, comme cela fut le cas chez les visons d’élevage.

Si le Sars-CoV-2, répandu à travers le monde par nos soins, parvenait à s’enraciner chez les mustélidés sauvages, les rongeurs, les chauves-souris etc., nul doute que dans ces nouveaux refuges, probablement invisibles à nos yeux, il générerait année après année de multiples variants — qui reviendraient périodiquement mettre en péril nos vaccins et notre immunité.