Covid-19 : on peut être infecté par deux variants différents en même temps, d'après Santé publique France

Dans sa dernière analyse de risques sur les variants, l'agence Santé publique France rappelle que le variant Omicron est désormais hégémonique avec, petit à petit, la substitution du sous variant BA1 au profit du BA2. Le suivi des variants depuis le début de la pandémie se fait en deux temps : le criblage puis le séquençage. Le criblage consiste à analyser le virus chez des personnes positives au tests PCR. L'analyse réalisée par les laboratoires cible plusieurs mutations clé afin de déterminer le variant en présence. Mais le criblage ne permet pas toujours d'identifier avec précision le variant auquel on a affaire. Il faut pour cela passer au séquençage. 

C'est dans le cadre du séquençage réalisé lors des enquêtes Flash que sont apparus les premiers cas de co-infections et recombinaisons. Dès le début de l'épidémie, différents variants ont circulé de manière concomitante. Mais c'est lorsque Delta et Omicron se sont superposés que les premières détections ont eu lieu. Soit une personne est infectée en même temps par les deux variants et on retrouve le matériel génétique des deux dans le prélèvement, soit cette co-infection a débouché sur une recombinaison génétique. 

Un virus nouveau, capable de se répliquer

Dans le cas de la recombinaison, lors de la réplication du virus dans l'organisme dans les cellules, il arrive une erreur de copie qui conduit au mélange du matériel génétique des variants. Un début de copie se fait sur la base du code génétique de la première souche virale. Puis par accident, il y a interruption du processus de copie et reprise à partir d'une autre partie de génome appartenant cette fois à la deuxième souche virale. 

A l'arrivée, on obtient un variant hybride. Il est parfois capable de "vivre" normalement et donne finalement un nouveau variant. Connus chez d'autres coronavirus (responsables du rhume par exemple), ce processus n'est pas rare. Selon une étude américaine, note Santé publique France dans sa dernière analyse, 2,7% de recombinants Sars-Cov-2 ont été identifiés parmi 1, 6 millions de génomes séquencés. 

Vers un "deltacron" ?

En France, une grosse dizaine de recombinants Delta/Omicron ont été détectés, tous depuis mi-janvier. Mais précise Bruno Lina, virologue, "c_es recombinants sont difficiles à détecter car on ne sait pas au premier abord si on a affaire à une co-infection ou un hybride. C'est un travail de haut vol en génomique", ajoute le responsable du Centre national de référence des virus infections respiratoires à Lyon._ Ces virus recombinés ne sont généralement pas préoccupants en terme de santé publique note toutefois l'agence. "Les cas détectés sont actuellement en cours d'investigation" précise le Pr Lina. Ils ont été repérés dans plusieurs endroits de France ce qui exclut un cluster et fait penser à une circulation à bas bruit depuis mi janvier selon SPF.

Pas spécialement inquiétants, ces nouveaux virus nécessitent d'être surveillés pour connaître leurs profils (contagiosité, dangerosité...). Parmi les cas français, certains sont passés totalement inaperçus pour leur hôte. Il n'y a pas de dangerosité accrue repérée à ce jour. A terme, ces variants recombinés seront baptisés. Ni Delta, ni Omicron. Deltacron ?