HCirV-1 : ce qu'il faut savoir sur la découverte en France de ce virus inconnu

Ce n'est pas le début d'une fiction, mais une véritable découverte. Des scientifiques de l'Institut Pasteur, de l'hôpital Necker-Enfants malades AP-HP, de l'Inserm au sein de l'Institut Imagine, d'Université Paris Cité et de l'École nationale vétérinaire d'Alfort (EnvA) ont identifié une espèce encore inconnue de circovirus lié à une hépatite chez l'homme.

Son nom ? Human Circovirus 1 (HCirV-1). D'où vient-il ? Il appartient à la famille des circovirus. Ces petits virus à ADN très résistants ont été identifiés en 1974 chez différentes espèces animales. Ces derniers peuvent être responsables de problèmes respiratoires, rénaux, dermatologiques et reproductifs. Son existence a été révélée – et démontrée – dans les dommages au foie d'une patiente sous traitement immunodépresseur. Ces conclusions ont été publiées dans la revue Emerging Infectious Diseases, le 3 janvier 2023.

Analyse des tissus pathologiques

Cette patiente souffrait d'une hépatite chronique inexpliquée avec des manifestations biologiques mais peu de symptômes comme c'est souvent le cas dans les pathologies du foie. Dix-sept ans auparavant, elle avait été doublement greffée cœur et poumons, avec un suivi très régulier. De nombreux échantillons sur plusieurs années étaient disponibles, permettant ainsi l'identification de ce nouveau virus. Les médecins ont analysé les échantillons des tissus pathologiques de cette patiente sous traitement immunosuppresseur. « Il y a dix ans, de telles techniques n'étaient pas disponibles. Nous avons également noué des partenariats avec l'hôpital Necker permettant ainsi de telles découvertes scientifiques », détaille Marc Eloit, responsable du laboratoire Découverte de pathogènes à l'Institut Pasteur et professeur de virologie à l'École nationale vétérinaire d'Alfort (EnvA).

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En effet, ces échantillons ont fait l'objet d'un séquençage à la recherche de séquences microbiennes, une technique possible grâce à l'utilisation de techniques de séquençage à haut débit mNGS. « Il s'agit de repérer des séquences intéressantes parmi toutes les séquences obtenues, une aiguille dans une botte de foin ! » pointe le chercheur, dans un communiqué diffusé par l'Institut Pasteur. C'est de cette manière que les scientifiques ont identifié une espèce encore inconnue de circovirus, le premier circovius pathogène pour l'Homme.

Un test PCR spécifique

Grâce aux résultats de cette analyse, les scientifiques ont noté que la concentration du génome viral avait atteint un pic en septembre 2021. Si la patiente n'a ressenti que de légers symptômes, des dommages ont été identifiés au niveau du foie. « La multiplication du virus dans les cellules hépatiques a été révélée [2 à 3 % des cellules du foie étaient infectées], démontrant le rôle du HCirV-1 dans les dommages au foie : effectivement, une fois que ce virus a utilisé les ressources de la cellule hépatique pour se multiplier, il la détruit », notent les chercheurs. Une fois ces résultats connus, l'équipe médicale a adapté le traitement en cours. Pour le moment, l'origine de ce virus n'est pas encore connue : « À ce stade, nous ignorons si la contamination se fait entre humain ou chez l'animal avec une incursion chez l'Homme. Notre équipe mène toujours des investigations pour en apprendre davantage sur ce virus », souligne le chercheur.

Une découverte qui permet d'anticiper de possibles futures épidémies, comme l'explique le chercheur : « La population immunodéprimée est davantage fragile face aux épidémies. Elle sert en quelque sorte de sentinelle face aux nouveaux virus. » En conséquence, un test PCR a été mis au point afin de réaliser le diagnostic étiologique d'hépatite d'origine inconnue. Un test sérologique est également en cours de développement.